１９３７年曹诒孙调任江苏省蚕丝试验场场长，统管无锡钱桥试验部、扬州原种部及蚕种取缔部、镇江及江阴桑苗圃。当他希望为提高蚕种质量管理，推广科学制种、养蚕、培苗、栽桑技术作出贡献之时，抗日战争爆发。不久，江浙蚕区相继沦陷。曹几经转辗来到上海租界，在江苏省蚕丝专科学校任教达６年之久。１９４５年抗日战争胜利，曹仍任江苏省蚕丝试验场场长之职，并奉命接管镇江、无锡、苏州等地蚕桑机构。抗战期间，江苏蚕丝事业遭到严重毁坏，桑园荒芜，丝厂被毁，蚕种场零乱破败。当时曾由省内蚕丝界著名人士２０人组成蚕业改进管理委员会，由建设厅长任主任委员，曹诒孙曾一度兼任副主任委员。他虽然有志于较快恢复发展江苏蚕桑生产事业，但由于当时政治腐败，通货膨胀，物价飞涨，全省蚕桑生产仍陷于衰败境地。

革新消毒技术，防止传染病的发生

　　中华人民共和国成立后，人民政府对蚕桑生产极为重视，制订了“积极恢复，大力发展”的方针。江苏省为发展蚕业科学，成立了无锡试验场。曹诒孙被聘为该场技师，专门研究蚕病防治。他经常深入苏南蚕区，调查研究，了解蚕桑生产和蚕病防治中存在的问题，传授防病技术。１９５１年，无锡试验场、江苏省农业科学院蚕桑系和上海茧丝检验所等单位合并，在镇江市组建华东蚕业研究所（现为中国农业科学院蚕业研究所）。曹诒孙被任命为研究员、蚕病组组长、病理研究室主任，从事蚕病理学研究。从此，他有了安定和优越的工作条件，专心致力于蚕病科学研究。

　　曹诒孙一贯注重应用技术和应用基础研究。他经常亲自参加实验，收集第一手资料，并耐心帮助中青年同志，对他们严格要求，循循善诱，使他们逐步成长为新一代的蚕病专家。蚕病研究室的同志在他的领导下组成一个非常团结的攻坚集体，首先开展了脓病多角体的溶解性及传染规律研究，测定了脓病病原多角体对多种理化学刺激的抵抗力，发现了升汞消毒对多角体病毒没有消毒作用，遂在养蚕消毒中废弃不用。又发现石灰浆对多角体病毒有强力杀灭作用，而且取材容易，价格便宜，他提倡采用石灰浆消毒蚕室蚕具，创制了石灰浆消毒法，对控制蚕的病毒病起了很大作用。进而又研制成功赛力散防僵粉蚕体消毒和赛力散石灰浆、福尔马林石灰水蚕室、蚕具消毒新方法，成为当时蚕种生产和农村蚕茧生产消毒的基本方法，并普及全国各蚕区，直到停止赛力散的生产后，才逐渐改用其他药剂消毒。他对漂白粉液散卵面消毒方法的试验成功，克服了一贯使用福尔马林液消毒散卵后存在的消毒卵结块，影响孵化等问题，使用漂白粉液消毒的散卵，消毒彻底，卵粒光滑，且孵化率高，为全国蚕种场全面采用，延至今日，仍是蚕种散卵消毒的唯一方法。由于曹诒孙的蚕病研究成果在提高蚕茧生产实践中取得了显著成绩，１９５６年被评为镇江市先进工作者。

　　农村养蚕减产或歉收的原因主要是蚕病为害，其中尤以脓病为多。５０年代末，为了探明当时日本蚕病学界流传的脓病可以由高低温冲击和叶质不良诱发的理论，开展了脓病环境诱发机制的研究。经过多次实验终于提出了家蚕脓病环境诱发的新见解。实验证明，环境诱发脓病的实质是：蚕体经受不良条件的刺激，使正常生理机能紊乱，导致蚕体抗病力极大降低，被环境中存在的极微量病毒感染而发生脓病。从而得出彻底消毒可以防止蚕传染病的发生的观点。根据微量病毒感染的新学说，制定了消灭病原、切断病原感染途径为中心的结合防治技术规程，以此指导农村养蚕生产，狠抓防病消毒，就能有效地防止传染性蚕病的发生，使我国蚕病的危害得到了控制。现在全国每盒蚕种的产茧量已比建国初期提高一倍以上。

防治家蚕多化性蝇蛆病获得成功

　　家蚕多化性蚕蛆蝇病的预防，千百年来都是应用蚕匾上盖纱布，或用扇子驱赶和装纱门、纱窗等被动的预防方法。５０年代后期，辽宁省柞蚕饰腹寄蝇蔓延，柞蚕生产面临毁灭的境地。中央农业部组织科研、教学、生产单位协作攻坚，１９６３年得出用药剂防治饰腹寄生蝇方法。在辽宁蚕业研究所取得药剂防治效果的基础上，曹诒孙受到很大鼓舞与启发，迅速应用在家蚕多化性蚕蛆病的防治上，从药剂稀释浓度，添食方法，添食次数，到安全剂量等一系列研究，制订出一套实用的药剂添食防治多化性蚕蛆蝇病的技术，并亲自深入农村进行大面积试验。蝇蛆病防治效果达９９％以上。这一方法很快在生产中普遍应用，从而彻底防治了我国家蚕多化性蚕蛆蝇的危害，是蚕病防治技术的一项重大突破。从此也扫除了室外养蚕蝇蛆病危害的隐忧，促进了养蚕事业的发展。